熱穩定性

　　熱穩定性是指DNA聚合酶能夠耐受高溫的能力。不同的DNA聚合酶的熱穩定性差異較大，一般通過半衰期來體現。由于熱循環是DNA擴增重復鏈式反應條件的關鍵特征，因此，所使用DNA聚合酶的熱穩定性非常重要。盡管初來自于嗜熱菌菌株的TaqDNA聚合酶可耐受相對較高的溫度，但是其半衰期在90°C以上時明顯縮短。當使用長時間高溫使具有二級結構和富含GC序列的DNA變性時，這一缺陷便成為一大難題。

　　保真度

　　保真度是指DNA聚合酶復制DNA模板的能力。部分DNA聚合酶具有3’-5’的核酸外切酶活性，能夠校正錯誤堿基。保真度的高低可通過錯配率來體現。DNA聚合酶的校正能力決定了保真度，會影響DNA序列復制的準確性。因此，高保真DNA聚合酶就是具有強校正活性的酶。DNA聚合酶準確復制DNA序列（即獲得無錯誤序列）的能力對分子克隆、測序和定點突變等實驗應用至關重要。

　　擴增速度

　　擴增速度是指在延伸時，DNA聚合酶向DNA新鏈中摻入核苷酸的速率。擴增速度除與DNA聚合酶有關，還會受到延伸溫度，緩沖液及模板復雜程度等的影響。

　　特異性

　　特異性是指DNA聚合酶在PCR過程中只擴增目的片段的能力。為了提高PCR特異性，常通過抗體法或配體法等方式對DNA聚合酶進行修飾，使酶活性在低溫條件下封閉，減少非特異性延伸和擴增。